Este santo era filho de Welflin, habitante de Pomuk (ou Nepomuk), e estudou teologia e jurisprudência na Universidade de Praga. Em 1373  recebeu a ordenação sacerdotal, tornou-se notário público na chancelaria da arquidiocese, e depois secretário do Arcebispo. Era também cônego da catedral de São Vito, entretanto sem receber nenhum benefício por isso. Mais tarde o Arcebispo o nomeou presidente da corte eclesiástica e, em 1393, seu Vigário Geral.

Este Santo tem especial importância na história do sigilo ou segredo no Sacramento da Penitência ou Confissão. Quando foi ordenado sacerdote, sobressaiu imediatamente pela santidade da vida e a energia da palavra. Por isso foi nomeado pregador da corte de Venceslau IV em Praga. A história de seu ministério sacerdotal resume-a o epitáfio que foi gravado em seu túmulo:

“Aqui jaz o venerabilíssimo João Nepomuceno, doutor, cônego desta igreja, e confessor da rainha, ilustre pelos seus milagres, o qual, por ter guardado o sigilo sacramental, foi cruelmente atormentado e lançado de cima da ponte de Praga ao rio Moldava, por ordem de Venceslau IV, no ano 1383”.

Mais ou menos com as mesmas palavras, diz o Martirológio Romano neste dia: “Em Praga, na Boêmia, São João Nepomuceno, cônego da Igreja Metropolitana, que foi tentado inutilmente a violar o sigilo da Confissão Sacramental. Por isso, precipitaram-no no rio Moldávia, e fizeram-no merecer a palma do martírio”.

Segundo a tradição, o que ocorreu foi o seguinte: A rainha e imperatriz, filha de Alberto da Baviera e mulher de Venceslau, tomou o santo como confessor. Ela era um modelo das virtudes cristãs, especialmente de modéstia, silêncio e fidelidade conjugal. Pelo contrário, Venceslau, que a história apresenta com os qualificativos de preguiçoso e beberrão, esquecendo os altos exemplos do pai, o imperador Carlos IV, tornou-se cético e materialista.

Assim sendo, não é difícil de se ver que duvidava de todo mundo, até mesmo da virtude de sua esposa. Como ela se confessava frequentemente, ele queria saber do que é que se acusava. Veio-lhe então uma ideia diabólica: obrigar o confessor a descobrir-lhe as faltas de que rainha se acusava na confissão.

Por mais que pressionasse o Pe. João Nepomuceno, este sempre punha uma barreira intransponível aos propósitos do rei.

Desse modo Venceslau, incapaz de obter por bem o que queria, recorreu a um plano cruel: Mandou prender o santo e torturá-lo, até que cedesse aos desejos do rei. O valoroso sacerdote foi tão maltratado, que seus ossos foram desconjuntados e seus membros dilacerados.

Quando soube disso, a rainha interveio, e conseguiu do marido a libertação de seu confessor, para curar-lhe as feridas.

São João pôde então dizer na catedral de Praga: “O meu fim aproximar-se-á. Morrerei. Sobre a Boêmia descarregar-se-á a tormenta, e ai de quem venha a cair nas mãos dos falsos profetas!”. Estaria ele prevendo a queda do país nas mãos dos hereges hussitas e, depois, dos comunistas, séculos depois?

Depois de se ter aplacado um pouco pelas súplicas de sua esposa, entretanto Venceslau não quis se dar por vencido, e queria vingança. Mandou aos seus sicários que agarrassem Nepomuceno durante a noite, e o lançassem no rio Moldava. O santo encontrou assim o martírio, morrendo  afogado.

São João Nepomuceno, juntamente com São Venceslau e Santo Adalberto, é o padroeiro celeste da Arquidiocese de Praga.